Yamaha電單車除了推陳出新之外，亦不忘融入百家創意。于是廠方在2013年起就在世界各地，找來頂級的工匠，為數個Sport Heritage型號進行改裝。既要改頭換面之余，亦要保留原車的神韻。在數個型號之中，XJR1300可說是最多Yard Built特別版的一員。
由2013年起，Yard Built XJR1300就已經有Monkeefist、Project X、Rhapsody in Blue、Skullmonkee及最新的Dissident版本。
Monkeefist
第一臺Yard Built改裝版的XJR1300是來自丹麥的改裝公司Wrenchmonkees的。而對於Wrenchmonkees來說，XJR1300并不是他們首臺改裝的Yamaha電單車，他們之前已有改裝SR500及XS650的經驗。
Monkeefist的改裝方向，就是將XJR1300化身成為cafe racer。Monkeefist有趣的地方在於Wrenchmonkees特制了一系列改裝套件，車主可以整套裝上XJR1200或XJR1300，使XJR變為cafe racer。Wrenchmonkees的負責人Per Nielsen表示，他們的工作只是啟發車主為愛駒改裝，他們設計的只是原型，而改裝套件就是將他們部份的設計意念轉化為市售產品。然而這些換上改裝套件，車身仍可以保留原有的油缸、車架、搖臂。即是車主可以不用進行大改，亦可以為愛駒帶來另一種感覺。而對於較少改裝經驗的車主來說，他們也可以在車房內DIY改裝了。
Project X
2013年的另一個Yard Built計劃就落在意大利Deus Ex Machina手上，他們為這款Yard Built XJR1300取名Project X。在接觸XJR1300之時，負責人Alessandro Rossi就有以下的疑問：「到底這臺肌肉型的電單車之下藏著了甚麼？」於是他們從70至80年代一些傳奇耐力賽戰馬取得靈感：「那些纖巧的線條只有一個目的 – 就是要爭勝！所以我們決定為XJR1300減磅，制造一臺挖空的XJR，將那臺1251cc的水冷心臟展示出來，擺出一副戰斗格。」
改裝的重點在於拆走車身的側蓋及行街使用的部件，之後換上更闊的把手，再為車身換上經人手打造的鋁合金部件。車身用上名為「透明黑」的特別油漆，那是一種非啡非黑的顏色，而是一種深啡黑的顏色，同時透明的特質又讓底下的鋁合金反射出來。
除了偷輕之外，向昔日的耐力賽戰馬致敬也是改裝重點。所以Project X就換上了高階的Ohlins避震、Brembo放射式卡鉗及離合器拉桿，再配上LeoVince鈦合金尾喉、Pirelli輪胎及Marvic Streamline鎂合金輪圈。雖然Ohlins的金色前叉加黃色的尾避震彈簧是大家夢寐以求的東西，但跟改裝方向不太合拍，於是改裝公司就將前叉鍍黑，還有將避震彈簧用粉末涂層染黑。最後，整架車出來就是一臺街頭霸王的形態。
來到命名的部份，負責人表示：「Yamaha希望我們秘密地進行改裝計劃，所以改名時就只有一個名字合襯：Projet X。」
Rhapsody in Blue
Rhapsody in Blue是2014年的出品，由位於紐約市的日籍電單車制作技師Keinosuke (Keino) Sasaki打造而成。Keino為XJR親手打造了更低更纖巧的油缸，亦用手工打造了新的鴨尾。更有趣的是他為車頭換上他的招牌彈簧前叉。車身同時還有改裝的卡鉗碼、新頭燈組及把手等。制動換上強化的Brembo，風隔改為外露式。車尾副架經過重新制作，而座鞍就改為單座。車尾的線條變得更運動化，而尾避震的用色亦呼應了前叉設計。小巧的尾燈，其實來自復古的英國MG四輪跑車。排氣改為側置式，帶來經典的復古韻味。車身用上經典的Yamaha藍色，再配以金色輪圈。
Keino的設計意念來自九十年代日本經典的直四超級街車。簡約的車尾、原始的設計，成為了Rhapsody in Blue的基礎。
Skullmonkee
踏入2015年，Yard Built的XJR也自然用上全新的XJR1300，今回再次找來位於哥本哈根的Wrenchmonkee，再一次打造上幾口螺絲就可以完成的改裝。Yamaha Motor Europe產品經理Shun Miyazawa表示：「他們的XJR1300 Monkeefist可說是2015新款XJR之父。那個改裝的款式為我們帶來創作靈感。它的影響讓我們明白到不用為車身帶來激烈的改造，只要集中於微調及升級，就可以改善整臺車。」
Wrenchmonkee的Per Nielsen表示：「我們盡力確保沒有激進的設計，反而會集中於投入簡潔的設計與剪影，并且對車身沒有任何切割或焊接。」Wrenchmonkee的另一伙伴Nicholas Bech表示：「我們希望從車身拆去一些部件，令人覺得它從來未存在過。之後我們亦開始從其他品牌之中找尋合適的加裝件，再將它改裝成我們的風格。」
於是Skullmonkee的車身變得簡潔之余亦用上不少改裝部件，例如LSL Speed Match黑色鋁合金軑桿，配以Biltwell手膠。中央換上小巧的MMB電子儀表。頭燈是Wrenchmonkee獨家打造的黃燈。制動用上全配Beringer產品，包括了Hypersport制動碟、Beringer前後卡鉗、手泵以及Beringer的離合器手泵。腳踏是LSL的啞黑鋁合金制品，但經WM改造後就讓騎士有更激進的坐姿。尾避震是Ohlins的STX36。輪圈沿用XJR的，但就換上Michelin Pilot Road 4S輪胎。車頭還有LSL Titan轉向釘把。車尾改用LED燈，車身還有改裝的4出2不銹鋼尾喉。
Dissident
Dissident是最新鮮出爐的Yard Built XJR，今次就由葡萄牙的改裝公司it RoCkS!bikes操刀。今次的設計意念之一，就是要慶祝XJR誕生20周年。然而起用葡萄牙改裝公司，當初也是一場賭博。不過最終的制成品卻是讓人心悅誠服的。Yamaha Motor Europe產品經理Shun Miyazawa表示：「It RoCkS!bikes是我們想合作的改裝公司首選之一，他們改裝1200及1300型號的經驗，讓我們可知他們可以制作出色的改裝車而不會失去原有的特質。」
一如所有的Yard Built型號，改裝的最基本條件就是對車身不作任何切割或焊接，并展示出「plug & play」的改裝可以令XJR1300有多大的變化。負責人Osvaldo及Alexandre於日間其實是土木工程師，而他們的設計風格也很容易辨認。所有的改裝車都用上一體式的油缸，即是油缸至座鞍/鴨尾都是一件過的。這樣的設計就需要講求精準，同時亦要注重細節。在Dissident身上，這件由人手打造的金屬部件，由上下眼鏡的後方，一直伸延至車尾并將LED尾燈隱藏。車頭的避震改用了YZF-R1的倒叉。把手末端的指揮燈由Motogadget提供，科幻的電子儀表則是Motoscope的出品，儀表的安裝碼是改裝公司以鋁合金經CNC制作而成的。把手、腳踏等都是LSL出品。卡鉗改用瑞典的ISR，再配以Hel制動鋼喉。四出二的排氣造型十分獨特，排氣聲亦十分迷人。
